Aan het einde van de negentiende eeuw speelde Zola een cruciale rol in wat nu bekend staat als de grootste juridische dwaling aller tijden. De zaak in kwestie betrof de valse beschuldiging van Dreyfus, waardoor dit debacle al snel bekend is geworden als de Dreyfus-affaire.
Alfred Dreyfus was een Frans-Joodse officier die aangezien werd voor een spion van het Duitse Keizerrijk. Het bewijsmateriaal was schaars: het handschrift van Dreyfus zou overeenkomen met een ongesigneerde brief, waarin militaire geheimen werden gedeeld met het Duitse Keizerrijk. Deze brief was op de Duitse ambassade in Parijs gevonden in een prullenbak. Op basis van het handschrift werd Dreyfus in 1894 achter gesloten deuren veroordeeld voor spionage, waardoor maar erg weinig mensen wisten hoe dun het bewijs was voor de uitspraak en welke beweegredenen erbij meespeelden. De sterke aanwezigheid van antisemitisme in Frankrijk aan het einde van de negentiende eeuw is namelijk niet los te zien van de snelle keuzes die in deze rechtszaak gemaakt zijn. Dreyfus werd veroordeeld tot een levenslange gevangenisstraf op Duivelseiland, een strafeiland voor de kust van Frans-Guyana.
In 1896 werd al opgemerkt door officier Picquart dat Charles Marie Ferdinand Walsin-Esterhazy achter de misdaad zou zitten. Het Franse leger vreesde echter een groot schandaal, waarop diverse officieren Esterhazy hielpen met het onder de pet houden van het echte verhaal. Picquart werd in 1897 overgeplaatst naar Tunesië, omdat hij pogingen bleef ondernemen om zijn bewijsmateriaal tegen Esterhazy onder de aandacht te brengen; hij hield daar na de overplaatsing echter niet mee op. In 1898 zorgde ook een ex-echtgenote van Estherhazy voor bewijsmateriaal door brieven tussen Estherhazy en haarzelf openbaar te maken, waarin Estherhazy zich erg negatief uitsprak over het Franse leger, waar hij zelf als officier onderdeel van was.
Émile Zola zou bekend worden als de schrijver die de doorslag gaf in het rechtzetten van deze zaak. Zola was echter niet de eerste schrijver die voor Dreyfus in de bres sprong. Dat was namelijk Bernard Lazare, die in 1894 een studie naar de oorzaken van antisemitisme publiceerde. In 1896 publiceerde hij een artikel specifiek over de zaak met een niet mis te verstane titel: Une erreur judiciaire, la vérité sur l’affaire Dreyfus (Een gerechtelijke fout, de waarheid over de Dreyfus-affaire). Lazare bleef echter zonder succes in zijn strijd voor gerechtigheid voor Dreyfus. Zola zelf had zich ook al lange tijd gestoord aan het antisemitisme bij de tegenstanders van Dreyfus en in 1896 publiceerde hij een artikel in Le Figaro onder de titel “Pour les juifs” (Voor de Joden), waarin het nog niet specifiek over Dreyfus ging. Het jaar daarna begon Zola zich nadrukkelijker uit te spreken tegen de veroordeling van Dreyfus en tegen het antisemitisme, onder meer door een publicatie in november 1897 in dezelfde krant met de titel “M. Scheurer-Kestner”, waarmee hij zich direct richtte tot deze politicus, die net was overgestapt naar de kant van de Dreyfusards, de voorstanders van Dreyfus. “La vérité est en marche, et rien ne l’arrêtera” (De waarheid is in opkomst en niets zal deze tegenhouden), luidde de inmiddels fameuze laatste regel van dit artikel. Het gerucht gaat – in sommige historische uiteenzettingen – dat de leiding van de krant Zola gevraagd zou hebben om deze richting te laten varen, omdat de krant abonnees begon te verliezen.
De broer van Alfred Dreyfus, Mathieu, had inmiddels voldoende bewijs tegen Estherhazy kunnen verzamelen om een rechtszaak te starten. De rechtszaak kwam er, maar waarschijnlijk op initiatief van Esterhazy zelf en de officieren die hem beschermden. Op dinsdag 11 januari 1898 werd Esterhazy achter gesloten deuren vrijgesproken. Hierop nam Estherhazy, waarschijnlijk onder druk gezet, ontslag en vluchtte naar Engeland, waar hij uiteindelijk in 1923 zou overlijden. Twee dagen na de vrijspraak reageerde Zola: op donderdag 13 januari 1898 publiceerde hij in L’Aurore op de voorpagina én de tweede pagina “J’accuse”. Dat lijkt een korte tijd om een dergelijk betoog te schrijven, maar diverse kladversies van voor de Estherhazy-rechtszaak bewijzen dat Zola al met zijn betoog bezig was. De uiteindelijke brief was gericht tot de toenmalige president van de Franse republiek, Félix Faure. Deze relatief nieuwe krant was toentertijd van Georges Clemenceau die bekendstond als een politieke radicaal. Eerst wilde hij geen kant kiezen, maar uiteindelijk werd Clemenceau een leidende Dreyfusard. Hij koos de beroemde titel J’accuse, die hij ontleende aan het laatste gedeelte van de brief van Zola, waarin deze zinsnede meermaals wordt gebruikt. Het ging Clemenceau zelf meer om de juistheid van het proces dan om Dreyfus. Zo was hij onder meer tegen gratie.
Zola spreekt in J’accuse de president aan op de Dreyfus-zaak en stelt dat deze zaak een grote smet is op de naam van de president. Zola merkt op dat hijzelf niet medeplichtig wil zijn. Vervolgens noemt de schrijver alle schuldigen met naam en toenaam, te beginnen met kolonel Du Paty de Clam, die hij rechtstreeks kwaadaardig noemt en die hij aanwijst als de hoofdschuldige van het complot. Stap voor stap behandelt Zola het onderzoek in deze zaak en wijst met niet mis te verstane woorden op vooringenomenheid en opzet bij de hoofdrolspelers in het complot. J’accuse maakte veel indruk in Frankrijk, omdat een gerespecteerd schrijver in prachtige volzinnen het Franse leger beschuldigde.
Het artikel deed veel stof opwaaien en deed veel mensen de onschuld van Dreyfus inzien. De Franse socioloog Pierre Bourdieu heeft het artikel bestempeld als de geboorte van de moderne intellectueel, die zich actief mengt in het politieke debat. De dag na de publicatie werd er een petitie ondertekend door diverse intellectuelen, zoals de schrijvers Mirbeau en Proust. Zij ondertekenden deze peitite tegen de veroordeling van Dreyfus uit hun eigen naam, maar ook vanuit hun functie, waarmee zij aangaven dat hun functie hun het recht gaf om zich te mengen in het debat, zoals Zola de dag ervoor al gedaan had. Mogelijk hangt hiermee samen dat de socioloog Émile Durkheim in datzelfde jaar het recht van de intellectuelen om zich uit te spreken, verdedigde. De intellectuelen moesten dit volgens hem doen, omdat zij als intellectuelen beter gewend waren om kritisch na te denken.